V protireformačním tažení během třicetileté války a po ní, se ostrůvek prostějovských Židů stal nepřítelem v katolizačním tažení. Protireformační antisemitismus měl ale především hospodářské důvody.
V roce 1618 uváděl urbář plumlovského panství 50 židovských gruntů, které odváděly ročně 250 zlatých, kromě toho vrchnost vybírala 5 zl. od krejčích, že mohli provádět své řemeslo mezi Židy. Cizím Židům byl také zakázán obchod ve městě mimo výroční trhy. Část Židů řešila tyto překážky přestoupením ke katolické církvi. Např. v roce 1638 konvertoval Jakub Judele i s manželkou a dětmi, což vzbudilo mezi Židy takový odpor, že dotyčný musel požádat o ochranu přímo knížete Liechtenštejna, kterého zároveň požádal o kmotrovství. Kníže mu nechal vyplatit 50 zl. a za kmotra šel úředník z plumlovského zámku.
Za třicetileté války si prostějovští občané stěžovali, že se Židé málo podílejí na nákladech na obranu města. V roce 1630 dokonce dostala městská rada od vrchnosti příkaz, že mají občany města přinutit mocí ke stavbě šancí, Židy nevyjímaje. Později platil také příkaz, že každý dům musí mít v zásobě jednu mušketu. V 64 židovských domech bydlelo 143 mužů, ale někteří zbraň odmítali.
V roce 1644 si purkmistr stěžoval, že Židů je ve městě více než křesťanů a tyto měšťany utlačují a ničí hospodářsky. Dřív bývalo ve městě přes 600 domů, po válce bylo obydleno sotva 100, židovských bylo z toho 34. V rámci vyhroceného antisemitismu byli Židé obviňováni, že prozrazují vojákům, co mají křesťané kde schováno, a ti domy potom vyrabují a ukradené věci Židům prodávají.
Za této situace v roce 1655 požádala židovská obec knížete Karla Eusebia o ochranu, a také aby nebyli prostřednictvím dávek a kontribucí městem utlačováni. Také požadovali, aby židovští krejčí mohli mít u obchodů výklady, mohli obchodovat látkami a šít a prodávat šaty, i když pouze Židům, ne křesťanům. Víme také z dokumentů, že Židé zde obchodovali také s tabákem a solí.
Již na konci 16. stol. si vymohla křesťanská obec vykázání Židů z města, získali na to dokonce finanční prostředky od pánů z Pernštejna, nakonec se ale s židovskou obcí dohodli na setrvání Židů ve městě a dar Pernštejnům vrátili. Městu za to vyplatili 500 zlatých. Nadále ale pokračovaly spory a obě strany si na sebe neustále stěžovaly, mnohdy došlo i na násilí. V roce 1865 si stěžoval cech krejčovský, že Židé zhotovují vojákům i křesťanům nové šaty, a proto se pokusili policejně takové zboží Židům zabavit. Také se poukazovalo na to, že Židé prodávají košer víno i křesťanům. Magistrát požadoval odstranění všech těchto „přehmatů“, jinak by křesťané museli zasáhnout násilím. Antisemitismus v Prostějově tedy byl spíše hospodářské než náboženské povahy.
Židé ale byli také omezováni a šikanováni katolickou stranou, důkazem budiž smlouva uzavřená židovskou obcí s prostějovskou farou na podnět olomoucké konzistoře. Ustanovení této smlouvy zní:
- Židé v neděli a svátky nemají obtěžovati křesťany v nejblíže ležících vesnicích prodejem kořalky a jiných potřeb, jakož i zdržovati je od návštěvy kostela.
- Maso v kvatembr a v postní dny nesmějí prodávati a dodávati tajně do křesťanských domů. Pouze s povolením děkana tak mohli učiniti.
- V postní dny nesmějí v křesťanské čtvrti prováděti hudbu, křičeti a pobíhati. Mají se zdržovat jen ve svém okrsku.
- V neděle a ve svátky před bohoslužbami a během nich nesmějí se rozbíhati do vesnic, aby kupovali dobytek, vodili jej v tu dobu veřejně do města, nýbrž mají se za bohoslužeb chovati jako křesťané.
- Když kněz jde se svátostí k umírajícímu, mají se Židé uchýliti do pozadí nebo do nejbližších domů, ne státi na ulicích a náměstí.
- Před trhy nesmějí stavěti boudy na náměstích za bohoslužeb, nýbrž až po nich, jak činí křesťané.
- V Boží tělo, kdy se sejde mnoho lidí a nedrží se trh, pak rovněž v křížové dny a když se konají procesí, mají se zdržovati ve svých ulicích.
- Židé se nesmějí v žádném případě koupati společně s křesťany ve veřejných lázních.
- Mají přidržovati děti obojího pohlaví, aby neměly žádných spolků s křesťanskými dětmi.
- Při zvonění v poledne a večer mají se Židé postaviti stranou anebo stát tiše.
- Židé jsou povinni prokazovati kněžím povinnou čest.
Tato smlouva byla uzavřena za úřadování nesnášenlivého faráře Capricia, který holí bil své farníky, kteří se liknavě nebo odmítavě stavěli k odevzdání milodarů při mši. Nebo také palmovými větvemi mlátil lidi shromážděné k přijímání a spílal jim.
Jan Lázna, předseda spolku Zahrada života