První československý prezident, filozof, vědec a politik měl k Židům sympatie. O jejich práva se zasazoval už v době svého politického a vědeckého působení za Rakousko-Uherska. Rozhodně také vystupoval proti všem projevům antisemitismu. Souviselo to s jeho vztahem ke křesťanství, jak sám napsal:„Přijmu-li Ježíše, nemohu být antisemita.“
Byl vychováván v katolickém moravském prostředí a lidovém pověrečném antisemitismu. Postupně se však s těmito názory rozchází. Na studiích německého gymnázia v Brně a Akademického gymnázia ve Vídni poznává židovské spolužáky. Byl vychovatelem v židovské rodině Sternových. V letech 1876–1877 navštěvoval filozofické přednášky v Lipsku. Zde se seznámil s prostějovským rodákem Edmundem Husserlem. Masaryk se stal jeho mentorem, přivedl ho ke studiu filozofie a kontakty spolu udržovali řadu let.
Seznámil se s židovskou otázkou po stránce náboženské, politické a společenské. Studoval Starý zákon i Renanův Život Ježíšův. Židovství se dotýkal také ve svých knihách a studiích (například Sebevražda, Česká otázka, Otázka sociální). Dospěl k závěrům, že bez znalosti Starého zákona a židovství nelze porozumět základům evropského myšlení.
Jako přední činitel České strany lidové (realistické) publikoval v devadesátých letech 19. století řadu příspěvků v časopisech Atheneum, Naše doba a Čas. Dával zde prostor i představitelům českožidovského hnutí, k nimž patřili Jindřich Kohn, Viktor Vohryzek a Edvard Lederer. Rovněž vystupoval proti českému antisemitismu hlásanému klerikálními a radikálními stranami i některými studenty.
V roce 1899 se osobně angažoval v tzv. hilsneriádě. V brožuře „Nutnost revidovati proces polenský“ rozhodně odsoudil pověru o rituální vraždě a proces chápal jako „atentát proti zdravému rozumu a lidskosti“. Masarykovo vystoupení vyvolalo proti němu útoky ze strany tisku, německých nacionalistů a antisemitů. Byl nazýván zrádcem národa a musel přerušit svoje přednášky na univerzitě. Na druhé straně se mu dostalo vysokého morálního ocenění a respektu v široké evropské veřejnosti a v USA.
V otázce asimilace Židů byl zdrženlivý. Vážil si sionistického hnutí. Napsal o něm: „Sionismus je nám sympatický, nestydí se za své židovství, uznává jeho mravní rady… Naším úkolem není zrazovat od kolonizace Palestiny, ale hlavním a vyšším úkolem dnes je reformovat se všude a především doma.“ V sionismu mu byl nejbližší kulturní směr představovaný filozofem a spisovatelem Achadem Ha’amem (vlastním jménem Ušer Ginzberg).
Výsledkem jeho diplomatické a politické práce bylo v roce 1918 vyhlášení nezávislosti Československé republiky a její uznání Spojenými státy. Při tom mu byli nápomocni i američtí Židé, například čestný prezident Světové sionistické organizace a člen Nevyššího soudu Louis Brandeis, prezident Amerického židovského kongresu J. W. Mack a významný sionistický předák Nahum Sokolov. 31. 12. 1918, krátce po návratu z USA, přijal prezident T. G. Masaryk k audienci představitele Židovské národní rady vedené Ludwigem Singerem a osobně se postavil za uznání židovské národnosti. Únorová ústava z roku 1920 zakotvila plnou rovnost Židů před zákonem a plnou občanskou a politickou rovnoprávnost. Masaryk se také vahou své autority postavil proti všem projevům antisemitismu. Mimo jiné se zastal haličských Židů- uprchlíků, kteří měli být původně z Československa vyhoštěni.
Řadu přátel a kolegů z židovského prostředí měl i na schůzkách pátečníků, jakémsi intelektuálním think tanku doby první republiky. Patřili mezi ně překladatel a filolog Otokar Fischer, nakladatel Julius Firt, germanista Karel Kraus a spisovatelé František Langer a Karel Poláček.
S Masarykem je také spojena neoficiální návštěva Palestiny. Uskutečnila se 8.– 15. dubna 1927. Jedním z důvodů této výpravy byl jeho zájem o židovskou problematiku a myšlenku sionismu. Průvodcem byl pražský rodák, filozof a knihovník Hebrejské univerzity v Jeruzalémě Hugo Bergmann. Jeruzalém se Starým městem a Chrámovou horou, Národní a univerzitní knihovna v Jeruzalémě, Hebrejská univerzita, Betlém, Tel Aviv, kibuce Chevciba a Daganija, mošav Nahalal, Mrtvé moře, Jericho, Haifa – to vše bylo náplní cesty. Také poznal historii, kulturu, tradice, diskutoval se členy československé komunity a diplomaty. Položil věnce k hrobům sionistů Maxe Nordaua a Achada Ha’amama v Tel Avivu.
Na počest jeho 80. narozenin byl 21. dubna 1930 založen u kibucu Sarid v Galilei Masarykův les. Akci inicioval 9. sjezd československých sionistů. U příležitosti 85. narozenin obdržel čestné občanství Tel Avivu. Jeho návštěvu připomínají také fotografie umístěné v telavivském muzeu, bývalé radnici. Řada ulic a náměstí v dnešním Izraeli nese Masarykovo jméno. Jeho jméno nese také kibuc Kfar Masaryk založený v roce 1940 československými Židy. T. G. Masaryka zde připomíná také nově rekonstruovaný památník otevřený v loňském listopadu českým velvyslancem v Izraeli Martinem Stropnickým. Jméno Masaryk se stalo synonymem dobrých česko-izraelských vztahů dodnes.
Hana Bartková, členka spolku Hanácký Jeruzalém