Když byl onoho zlověstného 15. března 1939 Prostějov, stejně jako celé území Čech a Moravy, okupován německým vojskem, čekalo ho šest těžkých let nesvobody, strádání, útisku a všudypřítomného strachu. Německé vojsko obsadilo město ráno 15. března po půl desáté, kdy přijelo před radnici první říšskoněmecké vojenské auto.
„Zásluhou“ malé skupinky místních německých nadšenců byl na radniční věži vyvěšen nacistický prapor s hákovým křížem. V místě zůstalo asi dva tisíce německých vojáků. Hlavní zájem projevila německá armáda jednak o zdejší kasárna, především letecká, nedaleká letiště a také o vojenský výcvikový prostor na Drahanské vrchovině.
Vedle velmi rychlého celkového ovládnutí mocenských pozic v městské správě nacisty na sebe nedaly dlouho čekat ani přímé perzekuční zásahy do života města. Napřed to byla již na počátku okupace realizovaná tzv. akce Gitter (Mříže), namířená především proti komunistickým funkcionářům, ale potom zejména v souvislosti se zahájením války proti Polsku 1. září 1939 akce Albrecht I, při níž byla zcela záměrně a bez nějakých důkazů preventivně uvězněna řada nejvýznamnějších představitelů českého národního života, politických stran, spolků i církví. V Prostějově byli tehdy mj. zatčeni bývalý starosta JUDr. Oldřich John, dr. Jan Škrach, Ing. František Benda, profesor Vojtěch Janoušek, děkan a farář P. Ignác Dragoun, funkcionáři Sokola Jan Mládek či Josef Bukáček, Orla, DTJ, legionářů a celá skupina představitelů židovské komunity včetně rabína Alberta Schöna, zastupitele JUDr. Roberta Sonnenmarka, obchodníka Rudolfa Kleina, továrního ředitele Ondřeje Somogyiho, zástupce pojišťovny Josefa Holze, obchodníka Salomona Kleinera, ženského lékaře MUDr. Eugena Grossmanna a mnoha dalších. Celkem bylo internováno z Prostějova v objektech bývalých železáren ve Štěpánově u Olomouce 22 osob (polovinu tvořili Židé). Někteří byli propuštěni, další byli přes Brno posláni do koncentračních táborů.
Zatýkání a perzekuce obyvatelstva v Prostějově trvala prakticky až do osvobození.
Někteří Prostějované (zejména skupina „vlajkařů“, která se soustředila kolem arizované oděvní továrny Sbor), se podílela na udávání a pronásledování členů Národního hnutí pracující mládeže, kteří ještě těsně před 15. březnem 1939 rozmnožili a rozšiřovali protifašistické letáky. Byla to také skupinka českých fašistů, která se pokusila v noci na 15. března 1939 zapálit prostějovskou novou synagogu. Ta „přežila“ zřejmě jen díky tomu, že pevně sousedí s budovou tehdejší reálky…
Z Prostějova bylo podle prvního poválečného seznamu nacisty odvlečeno a uvězněno z politických důvodů celkem 270 Čechů, z toho 23 žen. 83 uvězněných se již nikdy nevrátilo. Nejvíce ovšem bylo postiženo židovské obyvatelstvo. Z Prostějova a okolí bylo odvlečeno více než 1200 osob (včetně více než stovky dětí do 15 let), domů se vrátilo 109 z nich…